司法实践中关于行政机关申请人民法院强制执行是否缴纳申请费的问题，我国也是经历了一个由缴费到不缴费的过程。最高人民法院于1984年9月15日印发了《民事诉讼收费办法（试行）》，该司法解释已经失效。但其第十一条第二款规定，行政机关向人民法院申请执行其作出的行政决定的，申请人应当预交申请执行费十元至五十元。执行标的之金额或价额在五万元以上的，申请执行费按千分之一预交。执行完毕，申请执行费用和实际支出的执行费用，一并由被申请人负担。最高人民法院于1991年6月11日颁布了《关于贯彻执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的意见（试行）》，该司法解释也已失效。但其第八十八条规定，对行政机关申请人民法院强制执行其具体行政行为的，被执行的款、物，交申请执行的行政机关，人民法院依法收取执行费用。人民法院向行政机关收取执行费用的做法一直到2007年4月1日才告终止。国务院于2006年12月19日颁布了《诉讼费用交纳办法》，自2007年4月1日起起施行。该办法第十条规定，当事人依法向人民法院申请执行人民法院发生法律效力的判决、裁定、调解书，仲裁机构依法作出的裁决和调解书，公证机构依法赋予强制执行效力的债权文书的，应当交纳申请费。没有规定行政机关申请人民法院强制执行其作出的行政决定时而需要缴纳申请费的问题，即非诉行政执行不再向法院预交执行费用。当然，是本法第一次明确规定属于非诉行政执行的，行政机关无须向法院缴纳执行费用。
二、强制执行的费用由谁负担的问题
根据民事诉讼法第一百零七条规定，诉讼费用包括案件受理费和在案件审理过程中所实际支出的费用。案件受理费在有些国家称为“规费”，具有税收的性质。在案件审理过程中所实际支出的费用，如证人、鉴定人、翻译人员、理算人员在人民法院指定日期出庭发生的交通费、住宿费、生活费和误工补贴等。就执行案件而言，执行费用也是由两方面构成，申请费属于案件受理费的性质，而在执行过程中也会发生所必须支出的费用，此两方面即构成了“强制执行的费用”。
从一些国家或地区的立法来看，法院对非诉行政执行不收取案件受理费（即我国的申请费）是通例，我国也是如此，但均强调在执行案件过程中所实际支出的费用由被执行人负担。例如我国台湾地区“行政执行法”第二十五条规定：“有关本章之执行，不征收执行费。但因强制执行所支出之必要费用，由义务人负担之。”因此，本条第一款关于“强制执行的费用由被执行人承担”的规定，实际指在执行案件过程中所实际支出的费用由被执行人承担。